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利用先導(dǎo)編輯技術(shù)對益生菌大腸桿菌 Nissle 1917 開展精準(zhǔn)基因工程改造

 該技術(shù)基于一套模塊化的單質(zhì)粒系統(tǒng),主要由兩部分構(gòu)成:

1、先導(dǎo)編輯器(Prime Editor):一個融合了Cas9切口酶(nCas9)和逆轉(zhuǎn)錄酶(RT)的蛋白。

2、先導(dǎo)編輯向?qū)NA(pegRNA):它不僅負(fù)責(zé)導(dǎo)航定位,還攜帶了需要插入的基因編輯模板。

工作流程:

1、定位與切口:先導(dǎo)編輯器在pegRNA的引導(dǎo)下找到目標(biāo)DNA序列,nCas9部分在非目標(biāo)DNA鏈上制造一個單鏈切口。

2、逆轉(zhuǎn)錄與編輯:pegRNA上的結(jié)合位點(PBS)與切開的DNA鏈結(jié)合,啟動逆轉(zhuǎn)錄過程。逆轉(zhuǎn)錄酶以pegRNA上的模板(RTT)為藍(lán)圖,合成一段包含預(yù)設(shè)編輯(如插入、刪除或堿基替換)的新DNA序列。

3、修復(fù)與整合:細(xì)胞自身的DNA修復(fù)機(jī)制會將這段新合成的、已編輯的DNA鏈整合到基因組中,從而完成精準(zhǔn)的基因修改。

 

圖 1 適配 EcN 的先導(dǎo)編輯系統(tǒng)。(A) 先導(dǎo)編輯作用原理示意圖。簡言之,先導(dǎo)編輯器依靠 nCas9 在 R 環(huán)內(nèi)無向?qū)?RNA 結(jié)合的 DNA 單鏈上制造單鏈切口,并通過特異性 pegRNA 向基因組引入預(yù)設(shè)的基因編輯突變。(B) 系列工作質(zhì)粒 pRC 的模塊化設(shè)計。模塊 1:nCas9 與逆轉(zhuǎn)錄酶 RT 由可誘導(dǎo)啟動子lacI-Ptrc調(diào)控,lacI蛋白可抑制該啟動子本底表達(dá);模塊 2:pegRNA 由組成型強啟動子 P_J23119 驅(qū)動表達(dá);載體還包含模塊 3 溫敏復(fù)制子、模塊 4 篩選標(biāo)記元件。

 

本體系完全省去傳統(tǒng) RNA 載體體外純化、人工組裝、全程冷鏈儲存等繁瑣流程,僅依靠活體工程菌在腫瘤病灶原位持續(xù)生產(chǎn)載核酸 OMV,為低成本、長效、通用型腫瘤 RNA 免疫治療提供全新微生物遞送平臺。

 

參考文獻(xiàn)

"Utilizing Engineered Probiotic Escherichia coli Nissle 1917 ΔnlpI as In Vivo Cell Factory for In Situ Self-Assembled RNA-Laden Outer Membrane Vesicles to Boost Tumor Immunotherapy"

 

文獻(xiàn)鏈接

Precision engineering of the probiotic Escherichia coli Nissle 1917 with prime editing